Com obrir, editar i convertir fitxers PDB
Un fitxer amb l' extensió d'arxiu PDB és probablement un arxiu creat en el format de la base de dades del programa que s'utilitza per contenir informació de depuració d'un programa o mòdul, com un arxiu DLL o EXE . Sovint s'anomenen fitxers de símbols.
Els fitxers PDB assignen diversos components i declaracions en un codi font al seu producte final compilat, el qual el depurador pot utilitzar per trobar el fitxer font i la ubicació en l'executable en què hauria d'aturar el procés de depuració.
Alguns fitxers PDB poden estar en el format del fitxer Banc de dades de proteïnes. Aquests fitxers PDB són fitxers de text simples que emmagatzemen coordenades respecte a les estructures de proteïnes.
Altres fitxers PDB probablement es creen a la base de dades de Palm o el format de fitxer PalmDOC i s'utilitzen amb el sistema operatiu mòbil PalmOS. Alguns fitxers en aquest format utilitzen l'extensió de fitxer .PRC.
Com obrir un fitxer PDB
Els diferents programes utilitzen el seu propi fitxer PDB per emmagatzemar dades en algun tipus de format de base de dades estructurat, de manera que cada aplicació s'utilitza per obrir el seu propi tipus de fitxer PDB. Geneious, Intuit Quicken, Microsoft Visual Studio i Pegasus són només alguns exemples de programes que poden utilitzar un fitxer PDB com a fitxer de base de dades. Radare i PDBparse també poden funcionar per obrir fitxers PDB.
Alguns fitxers PDB s'emmagatzemen com a text sense format, com els fitxers de base de dades de depuració de programes de Geneious, i es poden llegir de manera completament humana si s'obre en un editor de text. Podeu obrir aquest tipus de fitxer PDB amb qualsevol programa que pugui llegir documents de text, com ara el programa Bloc de notes incorporat a Windows. Alguns altres visualitzadors i editors d'arxius PDB inclouen Notepad ++ i Brackets.
Altres fitxers de base de dades de PDB no són documents de text i només són útils quan s'obre amb el programa al qual està destinat. Per exemple, si el fitxer PDB està relacionat d'alguna manera amb Quicken, prova d'utilitzar aquest programari per veure o editar el fitxer PDB. Visual Studio espera veure un fitxer PDB a la mateixa carpeta que el fitxer DLL o EXE.
Podeu visualitzar i editar fitxers PDB que són fitxers del Banc de dades de proteïnes, en Windows, Linux i macOS amb Avogadro. Jmol, RasMol, QuickPDB i USCF Chimera també poden obrir un fitxer PDB. Atès que aquests fitxers són de text sense format, també podeu obrir el fitxer PDB en un editor de text.
Palm Desktop hauria de poder obrir fitxers PDB que estiguin en format de fitxer de Base de dades de Palm, però és possible que hàgiu de canviar el nom per tal de tenir l'extensió de fitxer .PRC per a que el reconegui. Per obrir un fitxer PDB de PalmDOC, proveu el visualitzador STDU.
Com convertir un fitxer PDB
És probable que els fitxers de base de dades del programa no es converteixin en un format de fitxer diferent, almenys no amb una eina de conversió de fitxers regular . En el seu lloc, si hi ha alguna eina que pugui convertir aquest tipus de fitxer PDB, seria el mateix programa que pugui obrir-lo.
Per exemple, si necessiteu convertir el vostre fitxer de base de dades PDB de Quicken, proveu d'utilitzar aquest programa per fer-ho. Tanmateix, aquest tipus de conversió probablement no només sigui de poca utilitat, però tampoc no és compatible amb aquestes aplicacions de base de dades (és a dir, probablement no necessiteu convertir aquest tipus de fitxer PDB a qualsevol altre format).
Els fitxers de Protein Data Bank es poden convertir a altres formats amb MeshLab. Per fer-ho, és possible que primer hàgiu de convertir el fitxer PDB a WRL amb PyMOL des del menú Fitxer> Desa la imatge com> VRML i, a continuació, importeu el fitxer WRL a MeshLab i utilitzeu el menú Fitxer> Exporta el mall Com a final de convertir el PDB arxiu a STL o un altre format d'arxiu.
Si no necessiteu que el model sigui de color, podeu exportar el fitxer PDB directament a STL amb USCF Chimera (l'enllaç de descàrrega està a dalt). En cas contrari, podeu utilitzar el mateix mètode que l'anterior (amb MeshLab) per convertir PDB a WRL amb USCF Chimera i exportar el fitxer WRL a STL amb MeshLab.
Per convertir PDB a PDF o EPUB , si teniu un fitxer PalmDOC, és possible diverses maneres, però el més fàcil és utilitzar un convertidor PDB en línia com Zamzar . Podeu carregar el vostre fitxer PDB a aquest lloc web per tenir l'opció de convertir-lo a aquests formats, així com a AZW3, FB2, MOBI , PML, PRC, TXT i altres formats de fitxers de llibres electrònics.
Per convertir l'arxiu PDB al format FASTA es pot fer amb el PDB en línia de Meiler Lab al convertidor FASTA.
També es pot convertir PDB a CIF (format d'informació cristal·logràfica) en línia mitjançant PDBx / mmCIF.
Lectura avançada d'arxius PDB
Podeu llegir molt més sobre els fitxers de base de dades del programa de Microsoft, GitHub i Wintellect.
Hi ha més informació sobre els fitxers del Banc de dades de proteïnes també; vegeu Banc de dades de proteïnes a tot el món i PDB de RCSB.
El vostre fitxer encara no s'obre?
Els fitxers PDB que no s'obren amb cap de les eines anteriors, probablement no són fitxers PDB. El que està passant és que estàs mal interpretant l'extensió del fitxer; alguns formats d'arxiu utilitzen un sufix que s'assembla molt a ".PDB" quan no estan realment relacionats i no funcionen de la mateixa manera.
Per exemple, un fitxer PDF és un fitxer de documents, però la majoria dels programes anteriors no representen el text i / o les imatges correctament si intenteu obrir-ne un amb aquests programes. El mateix passa amb altres fitxers amb extensions d'arxiu similars, com PD, PDE, PDC i PDO.
PBD és un altre que pertany al programa EaseUS Todo Backup i, per tant, només és útil quan s'obre amb aquest programari.
Si no teniu un fitxer PDB, investigueu l'extensió de fitxer que tingui el vostre fitxer perquè pugueu trobar el programa adequat que l'obre o el converteix.